В конце 1994 сгорел третий этаж учебного корпуса, водой были залиты и повреждены нижние этажи.
На время ремонтных работ занятия перенесены в стены Варваринского храма.
Решением Св. Синода от 5 мая 1995 Смоленскому Духовному училищу присвоен статус семинарии.
В день Покрова, 14 октября 1998 в Смоленске состоялись торжества, посвящённые 270-летию основания и 10-летию возрождения Смоленской семинарии.
На юбилейном торжестве присутствовал патриарший экзарх всея Белоруссии, митрополит Минский и Слуцкий Филарет.
В семинарии работают 35 преподавателей, среди них два доктора и семь кандидатов наук.
За 10 лет семинарию закончили 165 человек: 75 - пастырское отделение, 90 - регентское.